由于水的蒸发温度是大于70℃，假如空压机设备长时间在低温下运行，大气中的水份就会在压力和低温的作用下析出，形成冷凝水。空压机在运行时产生冷凝水是正常的，因此就需要配置使用干燥机、储气罐和过滤器等后处理设备。但如果所含冷凝水过多，将会造成不利的影响。

根据永磁变频空压机的运行要求，空压机应设有最低运行时间，以防止形成冷凝水。因为冷凝水会引起气缸阀片、机架部件等的生锈。冷凝水的聚积可能会造成油位读数出错。由于水和油无法混合，它们的共同存在会造成润滑油的快速变质。

由于永磁变频空压机的停备时间长，排气产生的水份聚集在管路及止回阀周围，导致水份回流至机箱内部，润滑油含水量逐渐增多，最终导致永磁变频空压机油位报警并故障停机。在停机拆除空压机的出口管路时，发现管内有大量的乳白色液体流出，说明空压机的排气含水量严重超标。

永磁变频空压机的出口管路设有止回阀，高温高压的湿空气通过空压机排气阀排出，经过后级冷却器后仍夹带一定的油、水成分。虽然永磁变频空压机的二、三级级间冷却器和末级冷却器后均配有气水分离器，用于分离压缩过程中产生的水份，但实际效果并不理想。